民眾在煮菜之前都曉得要先清洗蔬果，才能放心烹煮，但是清洗的方式和順序，人人都有自己的一套方法，究竟該怎麼清洗，才能洗去表面泥沙，減少農藥殘留呢？
衛生署根據農藥殘留容許量訂定了「安全採收期」，農藥噴灑後，經過一段時間大部分會自然消退，這段期間稱為安全採收期。如果農民遵守安全採收期所規定的時間，不為了搶先上市而提早採收；或是使用未登記、違規的農藥，基本上不太會發生農藥殘留過量的情況。
依據農藥殘留的特性，可區分為「接觸性」和「系統性」兩大類，接觸性農藥是直接噴灑於作物表面，而系統性農藥則是經由植物的根部或其它組織吸收，散佈於植物體內。只有接觸性的農藥，才能靠清洗蔬果洗除。
清洗蔬果的簡易步驟為：
（1）用手或菜刀去除根莖部位。
（2）以自來水局部沖洗根部以去除泥沙。
（3）以自來水浸泡10~15分鐘。
（4）料理前以飲用水沖洗。
台師大化學系教授建議在清洗蔬果前，最好先將根莖和凹陷的部分去除，因為這些部份最容易蓄積農藥，去除後以自來水局部沖洗蔬菜根部清除泥沙，避免微生物汙染菜葉，再浸泡於自來水中10到15分鐘，換水浸泡兩到三遍，最後料理前還要以飲用水沖洗。
有民眾在在清洗蔬菜時，習慣以鹽水浸泡，事實上自來水中的氯原本可以去除部分的農藥殘留，若是在水中加進鹽，水便會與鹽作用，反而導致洗淨力下降 ，所以清洗時以自來水清洗即可。也不建議以延長浸泡或烹煮時間的方式，來減少殘留的農藥，因為如此一來維他命便會遭到破壞，使營養流失。