基因黃豆一般是拿來作飼料的，全世界只剩下台灣在進口作為食用級,多吃會造成血液凝結、心血管疾病和掉頭髮等等毛病。加在飼料中也引起動物的一些疾病，例如多年前澳大利亞將豬的飼料改為黃豆時，短短幾個月內豬的皮膚都有問題，六個月後百分之八十的豬都肝阻塞,不受除草劑影響的基因改良黃豆，Monsanto出產的基因改造黃豆含有一種細菌的某個基因，使其可不受該公司生產的專利除草劑（Roundup）侵害，農民可在使用除草劑消滅雜草時，田裡所有動植物都會被這種農藥殺死，就是殺不死黃豆,含抗除草劑基因之黃豆，由於大量施用除草劑，導致土壤及水源嚴重污染,基改作物含有無法分辨的污染，包括來自動物的基因，對素食主義者及虔誠的宗教徒極不公平

日本每年大約進口100萬公噸，但是80%是沒爭議的非基因改造黃豆；不過台灣每年進口300萬公噸當中，卻有99%是較有風險爭議的基因改造黃豆。